Una de las relaciones mitológicas más oscuras entre los mayas y los nahuas se muestra en el culto maya al dios Quetzalcoatl. Parece haber sido una creencia general en Méjico que Quetzalcoatl era un dios extraño para el país, o al menos relativamente indígena de su rival Tezatlipoca, si es que no lo era de los mismos nahuas. Es curioso ver que las autoridades de la más alta categoría declaraban su veneración libre de hechos sangrientos. Pero no aparece si los ritos sanguinarios conectados con el nombre de Quetzalcoatl en Méjico eran cometidos por sus sacerdotes de propio acuerdo o por la instigación y presión del pontífice de Huitzilopochtli, bajo cuya jurisdicción se encontraban.
La designación por la que los mayas conocían a Quetzalcoatl era Kukulcan, que significa «serpiente emplumada», y se traduce exactamente por su nombre mejicano. En Guatemala se llama Gucumatz, palabra idéntica en Kiche con sus otras apelaciones nativas. Pero el Kukulcan de los mayas parece ser diferente del Quetzalcoatl en muchos de sus atributos. La diferencia en el clima probablemente explicaría muchos de ellos. En Méjico, Quetzalcoatl, como se ha visto, no sólo era el Hombre del Sol, sino el original dios-Sol del país. El Kukulcan de los mayas tiene más las atributos de un dios-trueno. En el clima tropical de Yucatán y Guatemala al mediodía el Sol parece dibujando la nubes de su alrededor con formas serpeantes. De éstas emana el trueno y la luz y la fertilizante lluvia, por lo que Kukulcan parecería haber atraído a los mayas mas como un dios del cielo que manejaba a los mayas que como un dios de la propia atmósfera, como Quetzalcoatl, a pesar de que muchas de las estelas de Yucatán representan a Kukulcan como es pintado en Méjico, con el aire saliendo de su boca.